В 2011 году уровень преступности в Санкт-Петербурге составил 1218 зарегистрированных преступлений на 100 тысяч жителей (122 место среди городов России), снижение по сравнению с 2010 годом на 13,6%. В 2021 году раскрываемость преступлений составила 41% и её доля в последние годы снижается. Количество тяжких и особо тяжких преступлений снижается, их доля в общем количестве зарегистрированных преступлений составила 31,8%. Снижается уровень уличной преступности (16,9%), уменьшается доля преступлений, связанных с незаконным оборотом наркотиков (12%). Уменьшается доля краж из жилищ и объектов различных форм собственности (36,4 % от общего количества преступлений по городу). Среди других зарегистрированных преступлений в городе: мошенничество — 49%, при темпах прироста до 200% по некоторым статьям и очень низкой раскрываемости, иногда до 20%. Наибольший процент раскрываемости (более 90%) по статьям бандитизм, убийство, изнасилование, причинение тяжёлого вреда, взяточничество, разбой, наименьший (менее 10%) — мошенничество[217]. По результатам опросов жителей города сохраняется общая неудовлетворительная оценка работы правоохранительных органов.
На территории города находятся 4 следственных изолятора (в том числе знаменитые «Кресты»), 4 исправительных колонии и 1 воспитательная колония (Колпино).